Στο ΠΜΣ ΑΣΤΕ προβλέπονται τέλη φοίτησης που ορίζονται στο ποσό εξακόσια πενήντα ευρώ ανά εξάμηνο (650 ευρώ/εξάμηνο) και τα οποία οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να καταβάλλουν, σύμφωνα με τα οριζόμενα του Κανονισμού Μεταπτυχιακών Σπουδών.
Δικαίωμα για τη χορήγηση δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων έχουν όσοι μεταπτυχιακοί φοιτητές πληρούν το κριτήριο αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ΄ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του επτάμιση με άριστα στα δέκα (7,5/10). Οι ειδικότεροι όροι και προϋποθέσεις του δικαιώματος της δωρεάν φοίτησης στα ΠΜΣ ΑΣΤΕ περιγράφονται στην ισχύουσα νομοθεσία, καθώς και στη σχετική απόφαση του Υπουργού Παιδείας και Θρησκευμάτων.
Επίσης, είναι δυνατόν με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος Πολιτικών Μηχανικών ανάλογα με τα έσοδα του ΠΜΣ να χορηγούνται υποτροφίες σε μεταπτυχιακούς φοιτητές. Οι υποτροφίες χορηγούνται με βάση ακαδημαϊκά, αντικειμενικά κριτήρια, όπως είναι ο συνολικός βαθμός αξιολόγησης της αίτησης εισαγωγής στο ΠΜΣ, ή την ακαδημαϊκή επίδοση βάσει μέσου όρου βαθμολογίας προηγούμενου εξαμήνου, και πρέπει να εγγράφονται στον εγκεκριμένο προϋπολογισμό του ΠΜΣ. Το ποσό της υποτροφίας καθορίζεται από τη Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ, και ανακοινώνεται κατά την προκήρυξη του ΠΜΣ.